San Francisco de Milagro es como se llama hoy lo que en la época de la Conquista se denominó Chirijo.

En tiempo de los godos (así se llamaba entonces a los españoles), vino a establecerse un ex – Oidor, atraído por la hermosura del paisaje y por la fertilidad de la tierra virgen, (en el sitio en que se levanta hoy el Ingenio “Valdez”). La esposa del ex – Oidor adquirió unas terribles calenturas con frío (Paludismo agudo), que puso en peligro su vida.

Como Pelletier y Caventou no habían descubierto todavía el sulfato de Quinina, el ex Oidor, con la fe religiosa de la época, pidió un milagro a San Francisco, que devolviera la salud a su esposa.

Y el milagro se produjo, bajo la forma de un indio herbolario, que provisto de unas cortezas del árbol de la quina y de unos trozos del bejuco llamado Zaragoza, preparo un cocimiento que administrado a la enferma y repetido a dosis regulares, devolvieron la salud a la señora, después de diez días de tratamiento.

El español en agradecimiento a San Francisco de Asís, autor del milagro, pidió al gobernador de Guayaquil, que se fundara aquí una villa con el nombre de San Francisco del Milagro.

La villa no pudo ser fundada entonces, probablemente a causa de la penuria del cabildo Guayaquileño; pero el Recinto, a orillas del río Chirijo, hoy Milagro, fue bautizado con el nombre de San Francisco del Milagro.