La ciudad está situada en la margen izquierda del río San Pablo, que al unirse en su desembocadura con el río Catarama forman el rio Babahoyo. Una de las más interesantes excursiones en la zona es el descenso en bote por el río Babahoyo. Babahoyo se encuentra en el Litoral y es paso obligado para ir hacia la Sierra por las carreteras Babahoyo – Quito (Via Panamericana), Babahoyo – Ambato (Via Flores) y también por la Babahoyo -Riobamba. Babahoyo se encuentra al Sur de la Provincia de Los Rios las vias que la unen con las demás ciudades y pueblos de la costa son la Babahoyo – Baba, la Babahoyo – Guayaquil y la Babahoyo – Milagro- Machala. Su situación geografica es una de las más privilegiadas por Babahoyo pasan cada día más de 25000 carros (entre buses, trailers y autos). Es un punto comercial entre la Costa y la Sierra. Dentro de la red vial urbana, la ciudad cuenta con dos puentes peatonales que permiten la comunicación con Barreiro y El Salto. Existen cuatro puentes vehiculares: los dos primeros que cruzan los ríos Catarama y San pablo al norte de la ciudad (carretera Babahoyo -Quito); el tercero que cruza el estero Lagarto al Sur de la urbe (carretera Babahoyo – Guayaquil); y el cuarto que está ubicado en el sector La Ventura (carretera Babahoyo – Ambato).