El desarrollo industrial pero sobre todo poblacional de la ciudad generado en las décadas de los sesenta y setenta constituyó un terrible desequilibrio entre los servicios de infraestructura y el crecimiento de Guayaquil, principalmente el de alcantarillado sanitario, es así como las aguas residuales, siguieron su curso hacia el estero, provocando el inicio de la acumulación de basura y desechos que crecía día a día.
Entre las principales fuentes de contaminación se tienen: aguas servidas domésticas, aguas residuales industriales, desechos vertidos por la población. Pero esto solo fue la consecuencia de tratar con indiferencia a los recursos naturales con que contaba la ciudad por darle la bienvenida al desarrollo urbano, desarrollo que fue construido a base de dañar las cosas que ya existían.
Consecuencias
Uno de los máximos problemas que aquejan a este brazo de mar es la falta de oxígeno disuelto en agua, fruto de esto la vida en el se ha extinguido a cambio queda solo fango, malos olores, elementos contaminantes altamente peligrosos.