El tiempo en que se desarrolla la historia es en la Era de los Magos, Natsu Dragonil, un joven que busca a su padre adoptivo un dragón llamado Igneel que la enseño a usar magia de dragón de fuego. Natsu siempre esta acompañado de su amigo Happy, un gato que puede volar, se topan con Lucy que estaba buscando el gremio de mago Fairy Tail, del cuál Natsu es parte de ellos,  le ofrece unirse a Fairy Tail y ella acepta. Una vez que llega al gremio, Lucy conoce a Erza Scarlet, una maga especializada en el equipamiento de armaduras y armas, así como a Gray Fullbuster, un mago experto en el control del hielo. A partir de entonces, Natsu, Lucy, Gray, Erza y Happy forman un equipo para acudir a las distintas misiones que existen en el gremio. Conforme transcurre la serie, se dan a conocer otros gremios que buscan casi siempre superar y destruir a Fairy Tail, por lo que los miembros del gremio deben unir fuerzas y evitar que sus oscuros propósitos se cumplan.