Suzumiya Haruhi no Yūutsu trata de la vida de una estudiante de preparatoria Haruhi Suzumiya y de aquellos que quedan atrapados en sus caprichosas ocurrencias. Aunque Haruhi es el personaje central, la historia es contada desde el punto de vista de Kyon, uno de sus compañeros de clase.

Kyon es un estudiante de secundaria superior que recientemente ha dejado atrás sus fantasías de espers, viajeros del tiempo, y aliens, junto con la escuela secundaria inferior. Sin embargo, cuando elige hablar con una chica excéntrica que responde al nombre de Haruhi Suzumiya el primer día de clase, inintencionalmente desata una cadena de eventos que lo llevan a situaciones enteramente diferentes del mundo real.