Todo empezó, con el sueño del Capitán de Artillería, Hugo Enderica Torres, años más tarde, presidente del club y en la actualidad, General en servicio pasivo. Su sueño era formar un equipo de fútbol profesional de sólo jugadores de Ecuador. Fueron llamados varios jóvenes de distintos sectores de la patria para la estructura el equipo y que de la mano del paraguayoJosé María Ocampo podría seguir formando el equipo que inicialmente empezó con jugadores del Ejército Ecuatoriano y que luego se llamaría "Mariscal Sucre", la "Ex-Selección del Ejército". Después de una exitosa trayectoria en el torneo de segunda división del año 1963, asciende a la Serie A de Ecuador y decide cambiar de nombre. El 1 de junio de 1964 y ya con el derecho a jugar en primera división, se funda oficialmente el Club Deportivo El Nacional, mediante un acuerdo oficial con AFNA; ese mismo año, conseguiría ser subcampeón del torneo, tras Deportivo Quito.