El 15 de septiembre de 1908, don Armando Pareja Coronel, a la sazón presidente del Ilustre Concejo Cantonal, propuso la creación de un museo histórico, dando de este modo pie para la transformación del antiguo Museo Industrial. La propuesta dio origen a una Ordenanza que definiría, entre otras cosas, el establecimiento de una sección dedicada a la Historia Patria y, otra, el establecimiento de una sección dedicada a la Historia Patria y, otra, a las Ciencias y a las Artes, así como la responsabilidad del Director de la Biblioteca para con el nuevo Museo al que le tocaría dirigir también, la Ordenanza, dictada el 16 de diciembre de 1908, disponía al final de su articulado, que se inaugurará esta nueva dependencia el 10 de agosto de 1909 como parte de las festividades a realizarse en conmemoración del centenario del" Primer Grito de la Independencia". El evento se realizó la noche del 9 de agosto en una muy concurrida y lucida ceremonia en la que todos los invitados pudieron observar más de 1.000 piezas perfectamente clasificadas y expuestas en vitrinas diseñadas para el efecto; distribuidas en secciones tales como la Arqueológica, Colonial, Numismática, de Historia Nacional y de Historia Natural. Todo el trabajo de clasificación, organización y montaje corrió a cargo del director de la Biblioteca Municipal, Sr. Don Camilo Destruge lllingworth, quien a partir de esa fecha pasaría a ser el primer director del museo ya como Museo Municipal.

Aunque el Museo ha estado en constante transformación desde su nacimiento, a finales de 1999 es cuando se convierte en un museo histórico con salas que cuentan la evolución de la ciudad por épocas.

1.- El escultor portugués Raúl María Pereira construyó el palacio que acogió a la Biblioteca y el Museo, y que fue inaugurado en 1916, pero debido a fallas en su construcción fue demolido en 1938.

2- Las antiguas salas conservaban las sillas Manteño-Huancavilca.

3.- Las piezas prehispánicas se han mantenido en exposición permanente a través de los años.

4.- De las antiguas vitrinas, las de forma octogonal son las únicas que se conservan.

5.- Se construye el edificio principal del Museo en 1968 y se encarga al artista Jorge Swett la elaboración de un mural para su fachada.

6.- La Sala Prehispánica cuenta a los visitantes el desarrollo de las culturas de la Costa.

7.- Las sillas Manteño-Huancavilca ocupan un lugar especial en la sala Prehispánica.

8.- La vitrina que acoge los cilicios en la sala de Arte Sacro es la única que se conserva desde la época del antiguo palacio Bibliotecario Museo.

Foto “El Ecuador en el Centenario de su Independencia”, 1920.  Donde se observa la estatua de piedra a la derecha y el incensario  en el centro de la sala.
		Incensario de piedra, Cultura Manteño - Huancavilca
“Ídolo de piedra de la tribu de los Colonches, Santa Elena” Gaceta Municipal, Guayaquil, agosto de 1909

"Museo Municipal - Sección Arquelógica". Gaceta Municupal Guayaquil, agosto 25 de 1909. Se puede apreciar a la izquierda el monolito de piedra antromorfo que se exhibe en nuestro  museo desde su inauguración.

		“Guía Comercial Agrícola e Industrial del Ecuador”, 1909. A lado izquierdo de la imágen se puede apreciar la silla de piedra en forma de “U” Manteño - Huancavilca
Silla Manteño - Huancavilca,  en el Museo Municipal
Busto en bronce del Gral. Antonio José de Sucre, que se puede apreciar en la foto inferior derecha,  en la inauguración del Museo Municipal

Una de las dos vitrinas octogonales que   se aún conservan en el Museo Municipal  desde su inauguración		“Museo Municipal - Sección Historia y parte de la Artística” Gaceta Municipal, Guayaquil agosto 1909