El Ecuador es el país del mundo con más plantas vasculares nativas amenazadas, según datos del Banco Mundial. La Lista Roja de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza registró 1 848 especies de flora que sepresentan como vulnerables, en peligro o en peligro de extinción. Una cifra que excede a países como Malasia (721), Tanzania (602) y China (568). Así mismo es el país andino con más plantas vasculares amenazadas a pesar de tener menos especies nativas. Susana León botánica del herbario de la Universidad Católica del Ecuador (PUCE)y autora del Libro Rojo de las Plantas Endémicas del Ecuador (2012), explica que el país puede encabezar la lista con más especies de plantas amenazadas porque es el país con más información sobre sus plantas. Al inicio del nuevo milenio el Ecuador fue el primer país de América Latina que publicó un libro que analiza el estado de conservación de la flora endémica. La amenaza principal para todas la vegetación ecuatoriana es la deforestación, asegura Hugo Navarrete, coautor del Libro y botánico de la PUCE. De acuerdo al Ministerio del Ambiente al año se talan 47 000 ha. de bosque. Los grupos de plantas más amenazadas son aquellas que sólo se hallan en un determinado lugar. Por ejemplo, en una colina de los valles interandinos ecuatorianos o en la cuenca del río Pastaza. Cuando se destruyen estas zonas por agricultura o ganadería las especies con alto endemismo son las primeras en desaparecer, dice Navarrete. Es así que las orquídeas son las más vulnerables, pues es el grupo que tiene más especies endémicas. El norte de Esmeraldas es el área con más deforestación, según el botánico. En la Costa, añade, más del 90% del Chocó se ha convertido en pastizales y cultivos. Las plantas vasculares incluyen todas las plantas con flores, las que tienen semillas pero no flores, Podocapus, helechos y plantas afines. En Ecuador existen 17 748 especies de plantas nativas. En 13 años (desde 1999 y 2012) se descubrieron 2 443 especies, según un estudio de David Neill, de la Universidad Estatal Amazónica.
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