Los españoles que invadieron América estaban respaldados legalmente por la Corona, pero en realidad constituían empresas privadas que buscaban una rentabilidad, lo que muestra los primeros signos del nacimiento del capitalismo europeo. La Corona autorizaba entonces a su principal, a crear una Gobernación y dentro de ellas a fundar ciudades para la residencia de españoles, regidas estas por el Cabildo que sólo podría ser constituido por españoles para gobernar la ciudad y territorios próximos. Tas este hecho, lo que se buscaba era controlar un espacio para dirigir desde allí la conquista y consolidar el proyecto colonial, lo cual les permitiría extraer riquezas y usar fuerza de trabajo, además de cristianizarla.

Portoviejo se fundó para servir como centro de abastecimiento de comestibles de las huestes españoles que venían a la invasión y conquista del Perú, pues entre otras cosas tenían abundancia de maíz, un producto fácil de conservar. Se fundó también para controlar el gran Señorío de Cancebí y constituirse en un hito de frontera de la Gobernación de Pizarro, que Pedro de Alvarado, otro conquistador, intentaba arrebatar.

Pedro de Alvarado llega a un acuerdo por Diego de Almagro, durante el encuentro en la zona interandina próxima a Quito actual. Entonces, se decide enviar al Capitán Francisco Pacheco a Cancebí para que fundara el asiento de españoles y tratara de pacificar a los aborígenes que estaban en franca rebeldía debido a la agresión de diferentes grupos de invasores, entre ellos el de Alvarado, quien además había apresado a varios indígenas, que ahora traería de vuelta Pacheco, como muestra de deseos de acuerdos de paz. No obstante la fundación, varios grupos de indígenas, mantuvieron la resistencia hasta 1564, y otros fueron creando ingeniosamente formas de adaptarse pera preservar algunos elementos de su cultura ancestral. Guardaron creencias, secretos gastronómicos, formas de organización comunal, habilidad artesanal y aún conservan sus rasgos fenotípicos. Francisco Pacheco había llegado por mar desde la Villa de San Miguel de Piura a territorios de Puerto Viejo para realizar el definitivo encargo que le ordenó Diego de Almagro bajo pedimento de valor en una carta enviada, cuando éste ya se encontraba próximo a su retiro y retorno definitivo al Cuzco y al posterior descubrimiento del Reino de Chile.