El Parque también alberga especies amenazadas de fauna silvestre, como el jaguar (Panthera onça), el tigrillo (Leopardus pardalis), el oso de anteojos (Tremarctos ornatus), la nutria (Lontra longicaudis), el gato silvestre (Oncifelis colocolo), el tapir de altura (Tapirus pinchaque), el pilco o quetzal de cabeza dorada (Pharomachrus auriceps) y el gallito de las rocas (Rupicola peruviana).
Lamentablemente la importante cantidad de vida silvestre animal y vegetal están desapareciendo por acción de los agricultores y ganaderos quienes invaden las áreas intangibles, talando árboles para ampliar las fronteras agropecuarias, originando con ello alteraciones irreversibles, en el pasaje y la extensión de especies.