La poblaciones de mamíferos han visto reducidos sus efectivos, a pesar de ello, en el área de los bosques mencionados es posible observar a los siguientes: el oso de anteojos (Tremarctos ornatus), el puma (Puma concolor), el jaguar (Panthera onca), el tigrillo (Leopardus pardalis), el venado (Odocoileus virginianus), el sajino (Pecari tajacu), el armadillo (Dasypus novemcinctus), la nutria de rio (Lutra longicaudis ssp. incarum), el tapir de altura (Tapirus pinchaque). Entre las aves destacan el pilco o quetzal (Pharomachrus auriceps) y el gallito de roca (Rupicola peruviana). El bagre de las cavernas (Astroblepus rosei), una extraña especie de pez que habita en cavernas subterráneas también forma parte de esta fauna, habiendo sido encontrado en la «gruta de los guácharos» ubicada cerca de San Andrés de Cutervo.