Con su primer título en mano, el del torneo amateur de 1950 conseguido el 20 de noviembre, el Barcelona Sporting Club y otros clubes tales como: el Emelec, Norte América, Nueve de Octubre, Everest y Reed Club, deciden dar paso a la profesionalización del fútbol, conforme lo hacía la corriente regional y forman la Asociación de Fútbol del Guayas, más conocida como Asoguayas, logrando la independencia de Fedeguayas y se procede a disputar el primer torneo provincial de fútbol profesional con la participación de los formadores de Asoguayas y otros clubes que se sumaron al primer torneo.
Este ente rector decide hacer un torneo promocional previo al primer campeonato profesional de 1951. Barcelona ganó este torneo en 1950, logrando ser el primer campeón profesional en el país, sin embargo, dicho torneo no fue avalado oficialmente ni por la Asoguayas ni por un ente nacional este deporte.
El primer campeonato provincial disputado en 1951, fue ganado por el Club Río Guayas, y la ubicación de Barcelona no fue estelar ya que se ubicó en la cuarta posición, tras el campeón Río Guayas, el subcampeón Patria y el Emelec que terminó tercero. A partir de esto, Barcelona destacó en la mayoría de ediciones de la la División del Fútbol de la Asoguayas, manteniendo buenos resultados y posiciones en los torneos locales (a excepción de los campeonatos de 1958 y 1959), y casi siempre clasificando a las etapas finales. En 1953 logró el vicecampeonato, además que en esta temporada aparece la figura de Luciano Macías, quien actuó los tres últimos partidos dando muestras de su gran categoría. Al año siguiente repite el vicecampeonato.
Siendo Presidente el Ing. Miguel Salem Dibo y teniendo en la dirección técnica al argentino Eduardo Spandre, Barcelona se corona Campeón de Guayaquil en 1955. Gracias a una mezcla de juventud y veteranía obtiene el primer título de la era profesional. Ansaldo, Macías, Salcedo, Simón y Clímaco Cañarte, titulares absolutos junto a hombres como Cantos, Jurado, Alume y Solórzano unidos a Sánchez y Chuchuca lograron el plantel equilibrado que se buscó por tanto tiempo. Es allí donde Barcelona comenzaba a crecer en popularidad nunca antes vista en Guayaquil lo cual cada ves que hacia local en el Estadio Capwell había llenazos. Es digno de mencionar también que fue en esta época en que se consolida el Clásico del Astillero con Emelec como una gran rivalidad primero a nivel de Guayquil y luego a nivel nacional. En 1955 en el Clásico del Astillero, Barcelona jugaba quizás uno de los mejores clásicos de todos los tiempos el marcador quedo 5 a 3 en el Estadio Capwell pero el poder a poder y la lucha ha quedado en la retina de muchos. Fue a partir de este clásico en que Barcelona obtendría su primer título casi de manera invicta seguido de su archirrival.
En 1957 aparece la figura de Vicente Lecaro, un integrante del plantel juvenil de Barcelona que anuló a hombres como Horacio Romero y Alberto Spencer cuando le tocó enfrentar a la reserva del Everest. El joven back se adueñó de la posición y marcó una época en la defensa del Barcelona y la Selección Nacional.
En el año 1958 ocurrió el hecho mas nefasto en la historía del club guayaquileño, transcurría el torneo y a pesar de las nuevas contrataciones que tenía el conjunto canario (ya se habían retirado Sigifredo Agapito Chuchuca y Enrique Pajarito Cantos) su fútbol fue un colosal desastre. Los resultados negativos que cosechaba Barcelona poco a poco lo fueron llevando a las últimas posiciones, hasta llegar al precipicio del descenso.
El 8 de octubre de 1958, Barcelona perdió la categoría, contra su eterno rival Emelec en el último clásico del año y siendo el partido desisivo para Barcelona siga con sus aspiraciones de seguir en la División de Honor del Guayas, lo derroto 1-0 dejándolo fuera de la División de Honor del fútbol del Guayas. La dirigencia torera y la prensa deportiva de ese entonces se resistía en ver a su ídolo en la Segunda División. A partir de ese momento, empezaron a hacer gestiones para llevar a Barcelona a jugar el campeonato de 1959 a Colombia, país que aceptó incluirlo en su torneo, pero todo quedó en intentos, pues las cuestiones económicas, en especial de transportación, eran insalvables.
Pero un hecho providencial ocurrió a favor de Barcelona. Al año siguiente, en 1959, el Club Unión Deportiva Valdez fue descalificado del torneo ecuatoriano de ese entonces ya que el Estadio de Potoviejo (Ahora conocido como Reales Tamarindos) no cumplio con las condiciones de una estadio de primera categoría. El Club Unión Deportiva Valdez solicitó a la Asociación de Futbol del Guayas para realizar sus partidos de local en el Estadio Modelo (En la actialidad con la denominación de Estadio Alberto Spencer) pero esta petición no fue aceptada por dicha entidad. El club Milagreño había dejado vacante un cupo en la División de Honor del futbol ecuatoriano, el cual en una reunión con los directivos de los clubes que formaban la Asoguayas y los clubes del resto del país; Barcelona mantenía la categoría.
Desde inicios del profesionalismo Barcelona se proclamó 5 veces campeón local en los años 1955, 1961, 1963, 1965, 1967 teniendo como grandes figuras a Sigifredo Chuchuca, Enrique Cantos, José Vargas, Luciano Macias, Pablo Ansaldo, Simón Cañarte.