No todo lo que se escucho de Barcelona fue bueno.
En 1931, el equipo ya tenía bastante madurez y tubo una sobresaliente actuación en la cual se fue a jugar por primera vez fuera de su ciudad, jugando también con la indumentaria de oro y grana. Jugó por primera vez en Quito en una gira de triunfos donde consiguió 3 victorias, 1 empate y 0 derrotas.
Sin embargo luego de su primera incursión en los torneos de FedeGuayas vinieron horas difíciles para el club del Astillero, si bien es cierto que fue un buen protagonista en el fútbol federado (así se denominaba ya que era la Federación Deportiva del Guayas que manejaba el fútbol amateur en Guayaquil ), en 1932 deja de participar en el torneo amateur junto con el Cordova (multicampeón durante los primeros años del fútbol guayaquileño, pero que en ese mismo año desaparecía del fútbol local).
En 1932, bajo el nombre de Asociación Guayaquil, viajo a Quito, a competir en fútbol, natación y patines. Obtienen varios triunfos pero al regreso son sancionados por la Federación Deportiva del Guayas, en ese tiempo era irreglamentaria hacer giras sin el premiso del ente provincial, además que no tenían buenas relaciones con la Concentración Deportiva de Pichincha. Barcelona queda con su equipo desmantelado, pues la mayoría de sus jugadores se van a defender a otros equipos, quedando fieles a la divisa, Rigoberto Aguirre, Luís Guerrero y Manuel Murillo Moya.
La gira duró dos meses y tubo como resultados 12 triunfos en fútbol, 2 derrotas en basquet, 2 derrotas en patines, 5 triunfos en béisbol y un rotundo éxito en natación y saltos ornamentales. La insurrección le costó la expulsión del campeonato por viajar sin el permiso, afortunadamente la Srta. Maruja Arosemena entonces Reina de Guayaquil, solicitó a la Federación que fueran rehabilitados, gracias a eso aparecieron en 1934 en la Serie C. Así durante las décadas del 30' y 40', Barcelona deambuló por la Serie B y Serie C de los torneos rentados del Puerto Principal.
Barcelona no jugó en 1933 y pierde la categoría. El mismo Ribogerto Aguirre se hace cargo del equipo y lo inscribe en la Serie C de Fedeguayas, inclusive hubo momentos de temor ante una posible desaparición de Barcelona, se pensaba que iba a ser fusionado con el club Daring por lo que se retira de la presidencia Ovidio Ramírez Chacón y es elegido como presidente Victoriano Arteaga, directivo que tomó el equipo a sus hombros, evito la posible fusión y lo sacó de la dramática situación. En 1934, Barcelona debuta en la Serie C del amateurismo, el cuadro se forma con Ricardo Chacón en el arco; Julio Martín Jurado y Jorge Granados en la defensa, luego se incorpora Godofredo Sánchez; Luís Navas, Pedro Valdez y Humberto Zambrano en la media; y en la delantera: Jacinto Ramírez, Wilfrido Rumbea León, Humberto Brand y Galo Pombar. Este año ganaron invictos el Campeonato de Serie C de 1934 y ascendieron a la Serie B en 1935. De esa forma y recién en 1943, conducido en la cancha por Roberto Espíndola y Wilfrido Rumbea, Barcelona vuelve a ubicarse en los torneos de primera categoría.
La gran labor de Arteaga reposicionó a Barcelona y allí en realidad empieza a brillar con luz propia, tan es así que a mediados de la década de los 40’s nuevamente se repiten dos hechos históricos; la llegada al club del orense Sigifredo Chuchuca y en 1943 en el estadio Guayaquil (hoy llamado Ramón Unamuno) cuando se disputa el primer clásico del Astillero con su hermano de barrio, el Emelec. Como coincidencia, con el surgimiento de estas dos situaciones, vinieron días de real gloria durante las décadas siguientes.
