La pareja de científicos Sandra Lerner y Leonard Bosack, quienes trabajaron para el departamento de computación de la Universidad de Stanford en los años 80, decidieron crear la empresa en diciembre de 1984.
El nombre de la compañía proviene de una simple casualidad; ya que, ellos solían mirar por la ventana al frente un cartel que decía "San Francisco" y un árbol se interponía entre la palabra de tal manera que solo se veía Cisco.
Allí comenzó su despliegue como empresa multinacional.