El cantón Yaguachi tiene su origen en un pueblo indígena que ya existía cuando los conquistadores españoles tomaron posesión de las regiones que hoy forman parte del litoral ecuatoriano.

En la época colonial, Yaguache fue uno de los puntos más importantes de la región, y fue conocido como Bodegas de Yaguachi, un nombre aborigen de la tribu de Los Yaguachis cuyos integrantes fueron expertos navegantes y diestros en el manejo de lanzas y flechas.

En 1538, Yaguache era considerado un pueblo de indios y su cacique principal era Pedro de Yaguache, tenía como patrono a San Antonio de Padua.

Yaguache viejo o San Antonio de Padua fue abandonado por sus habitantes, por haber cambiado de curso el rio, cuyas orillas le dieron posibilidades para el comercio.

En 1954 por la devoción por San Jacinto se acrecentó y extendiéndose por la región. Se dio el nombre de YAGUACHI NUEVO y alcanzo la categoría de parroquia el 25 de Agosto de 1841, con ello también surgió como pueblo de San Jacinto.

Yaguachi fue conquistando paso a paso su categoría urbana, con las batallas por la independencia contra el yugo español, el famoso Batallón Yaguachi que luchó en Pichincha, en Junín, en Ayacucho y en Tarqui; y ya para 1874 Yaguachi Nuevo vive su época de esplendor al convertirse en entrada y salida para las comunicaciones con el resto del país debido al tramo ferrocarril que pasaba por la zona.

En 1878, se envió el proyecto de cantonización, pero los legisladores se opusieron y sigue siendo parroquia de Guayaquil. Hasta que el 21 de Julio de 1883 alcanzo la categoría de cantón con el nombre de Olmedo y con las parroquias: Yaguachi Nuevo, Milagro, Yaguachi Viejo y Naranjito, constituyéndose en el cuarto cantón de la provincia del Guayas.

El 27 de Enero de 1997 se le denomino San Jacinto de Yaguachi, el cual es su nombre actual.

El porque de su nombre se dice que se encuentra en un documento de 1623 que reposa en el Archivo General de Indias, en Sevilla-España, donde se afirma que el nombre de esta población era Yaguache, y no Yaguachi como hoy se lo conoce.