Los primeros habitantes de la región, al igual que en otras partes del continente, se produjeron por las continuas hordas de migración de pueblos nómadas que llegaron a asentarse en varios reductos dando como resultado las diferentes culturas precolombinas desde el Paleolítico. Los arqueólogos han determinado la existencia de una cultura, denominada Las Vegas, que data del año 5000 al 7000 A. C. (según otros la consideran del 10000 A. C.), y dando como prueba, se encontraron alrededor de 31 asentamientos de esta cultura en toda la península de Santa Elena, antes llamada «Sumpa».1 El pueblo de Las Vegas se dedicó a la caza y recolección, y además desarrolló técnicas primitivas de agricultura. Aparentemente utilizaron huesos y espátulas para a fin de producir redes y textiles junto a varias herramientas y envases hechos de conchas. Adicionalmente, se especula que usaron madera, corteza de árbol, bambú, y caña como herramientas de su agricultura.2 Las Vegas fue el punto de partida de los demás asentamientos que se formarían en la región.
La formación de las culturas se inició con la invención de la cerámica. Este período data del año 4200 a. C. y la primera cultura que aparece es la Valdivia, cuya extensión se asentaría principalmente en las costas de las actuales provincias de Manabí y Santa Elena. La extensión de este pueblo abarcaría gran parte del territorio litoral e incluso algunas sectores cercanos a la serranía. La cultura estuvo imperante en la región hasta el 1500 a. C.. La sucesora de esta cultura sería la Machalilla con escasos territorios en el Manabí y Santa Elena y se le han atribuidos vínculos comerciales con pueblos centroamericanos precolombinos como la cultura Capacha y dominaron el área hasta el 1200 a. C., cuando finalmente aperció la Chorrera quienes dominaron en su totalidad la cuenca hidrográfica del río Guayas, ubicándose su núcleo en la ribera oriental del río Babahoyo. La cultura Chorrera dominó la región hasta el final del período formativo hacia el 500 a. C., y fueron el punto de entrada en el desarrollo regional.
En el período de desarrollo regional aparecieron numerosas cullturas a lo largo del litoral, sin embargo, entre las predominantes estuvo la cultura Guangala que ocupó las zonas extendidas desde el norte de Manabí hasta el puerto de Chanduy en la actual provincia de Santa Elena por el oeste y tierra adentro cubriendo en su totalidad la cordillera Chongón-Colonche en el Guayas. La cronología más aceptada respecto a la antigüedad de la Guangala es entre el 500 a. C. y el 500 d. C., hasta la aparición de nuevos pueblos precolombinos en el área.
Alrededor del año 600, una nueva cultura se desarrolló en el litoral, inicialmente en Manabí, denominada como la cultura Manteña. Esta cultura apareció al final del desarrollo regional y perduró con su gran expansión hasta el siguiente período de integración.
Al período final de integración aparecieron en la región las últimas grandes culturas generales de la era precolombina. Primeramente se encontraba la cultura Milagro-Quevedo con un gran dominio del sistema fluvial del río Guayas (incluyendo sus dos grandes afluentes, los ríos Daule y Babahoyo) y una gran extensión hacia la serranía. A esta cultura se la conoce étnicamente como «chonos».
La expansión de la cultura Manteña hacia el sur, hizo que rápidamente ocupe los actuales territorios de las provincias de Santa Elena, Manabí y la parte occidental de la provincia del Guayas. Es por ello que toma el nombre de Manteño-Huancavilca, ya que con el término Huancavilca se designa a los manteños del sur. Los huancavilcas se asentaron en la parte occidental del río Guayas.
