La historia de Guayaquil es la sucesión de los hechos acontecidos dentro del actual territorio guayaquileño, con la aparición de hechos aislados debido a la naturaleza geográfica de su región natural. Guayaquil, al igual que su provincia y región, ha sufrido radicales e importantes cambios de gobierno y de división territorial, con lo cual se puede clasificar su historia en cuatro partes: la era precolombina en donde comienza el proceso poblacional e integración de tribus aborígenes en la región, la era colonial desde los primeros asentamientos españoles hasta el crecimiento urbanístico, la era independentista que abarca la emancipación y un breve período autónomo, y la era republicana desde la creación de Ecuador en 1830. como la siguiente
Antes de la colonización europea en el continente americano, los territorios de la región en donde se ubica Guayaquil estaban habitados por diversas tribus de culturas que se habían establecido desde el período precerámico, alrededor del 5.000 y 7.000 años a. C., evolucionando hasta tomar formas de naciones independientes a hasta el siglo XVI. Entre las principales culturas precolombinas estaban los huancavilcas, los cuales dominaron la región desde el siglo VII hasta poco después de la llegada de Colón a América. Sin embargo, existía la presencia de varias otras tribus en el área de la cuenca y delta del río Guayas, como los chonos y los punaes. Todas las culturas prehispánicas presentan muestras de comercio marítimo con otras culturas del litoral sudamericano (en el actual Perú) e incluso con pueblos centroamericanos (en el actual México). Tras el comienzo de la expansión del Imperio español en el actual territorio ecuatoriano, comenzó un proceso de conquista con el propósito de establecer una ciudad que sirva de puerto comercial en la Mar del Sur, lo cual se inició en 1534 y, tras varias reubicaciones y disputas con las tribus nativas del sector, terminó de establecerse en su actual asentamiento en 1547 bajo el nombre de Guayaquil.
Durante el dominio español, la ciudad se convirtió en uno de los principales puertos de América del Sur debido a su considerable crecimiento tanto demográfico como comercial. Pasó a convertirse rápidamente en uno de los mayores astilleros en servicio de la Corona española, en gran parte debido a las buena calidad de la madera que podía encontrase en los bosques de sus alrededores. Sin embargo, el gran auge que tuvo la ciudad se vio detenido continuamente por frecuentes asaltos de piratas y corsarios patrocinados por los reinos enemigos del Imperio español, especialmente los Países bajos e Inglaterra. Además, los constantes incendios saldaron la vida de grandes cantidades de personas, en parte provocado por la costumbre de construcción con materiales de fácil combustión. Otro de los problemas eran las pestes y epidemias causadas por enfermedades típicas del ambiente tropical. Políticamente fue sede del Corregimiento de Guayaquil con lo cual formaba una entidad territorial de la Real Audiencia de Quito, la cual a su vez cambió varias veces de estar integrada en el Virreinato del Perú al Virreinato de Nueva Granada. En 1764 tomó el grado de Gobierno político y militar por órdenes del rey Carlos III de España.
Tras casi tres siglos de dominio español, las primeras ideas independentistas empiezan a aparecer en las Américas, causando progresivamente el levantamiento en armas de varios pueblos en el continente. El 9 de octubre de 1820 se dio en Guayaquil un movimiento emancipador que depuso el gobierno español e instaló uno criollo encabezado por José Joaquín de Olmedo. Para noviembre de aquel año se instaló una asamblea donde los representantes del pueblo crearon la Provincia Libre de Guayaquil como estado soberano, redactaron su primera constitución, y acordaron crear un ejército libertador con el objetivo de independizar el resto de la Real Audiencia. Se efectuaron varias batallas frente a las tropas realistas para asegurar la independencia de la provincia y desplazarse hacia la serranía, también llegaron refuerzos colombianos al mando de Antonio José de Sucre, y el proceso terminaría a mediados de 1822 en la batalla de Pichincha. Luego de ello, Simón Bolívar anexó la Provincia Libre a la Gran Colombia vía manu militari, transformándose en un departamento de aquel país hasta su desintegración.
Desde 1830, Guayaquil pasó a formar parte de Ecuador, meses después de su creación. Los problemas políticos dominaron al gobierno por 15 años de administración floreana hasta el estallido de la Revolución marcista en la ciudad en 1845, impulsando un nuevo modelo civilista, aunque luego volvió al militarista. Después del período marcista, en 1859 comenzó el período del garcianismo que se desarrollaría en base a las medidas de tendencia conservadora, lo cual restó importancia económica a la ciudad, que también tuvo que soportar las pretenciones de invasión peruanas. Sin embargo, en 1895 inició en Guayaquil la Revolución liberal que impulsó a Eloy Alfaro al poder, tras lo cual se reactivó el comercio guayaquileño, brindándole mayor importancia política a la cúpula de empresarios y banqueros del litoral en gobiernos liberales sucesores, lo cual ayudaría a la ciudad a recuperarse rápidamente del Gran Incendio de 1896.
En el siglo XX, Guayaquil demostró un gran crecimiento económico y demográfico, debido en parte a la plutocracia auspiciada por los gobiernos liberales. Sin embargo, inició una fuerte depresión en 1920 debido a altas tasas de inflación y descenso de las importaciones que condujo a varias movilizaciones que obtuvieron por respuesta represión armada por parte de los gobiernos como la huelga general de 1922. Tuvo que soportar los efectos de la Gran Depresión y la Segunda Guerra Mundial, y los estragos de la Guerra peruano-ecuatoriana de 1941 en la Batalla de Jambelí. La instauración de juntas militares en el poder a mediados de siglo, condujo a otra etapa de crisis política para Guayaquil, dicho período finalizó gracias al retorno a la democracia en 1979, sin embargo la inestabilidad política perduró hasta inicios del siglo XXI. Actualmente la tendencia política de derecha tradicionalmente mayoritaria en la ciudad se enfrenta a las políticas de izquierda por parte del gobierno central, las cuales han ganado una creciente aceptación.
