Es la segunda ciudad más poblada de Los Ríos. Es una de las ciudades más importantes del Ecuador y el puerto fluvial más importante del país por eso es considerada la «Capital Fluvial del Ecuador» rodeada de ríos como el río Babahoyo que se unen y desembocan en el río Guayas. Es la capital provincial más cerca al puerto principal del país, Guayaquil..
Babahoyo se encuentra en el Litoral y es paso obligado para ir hacia la Sierra. Por mucho tiempo se llamó Bodegas, por haber estado allí ubicadas la Aduana y los Almacenes Reales, para el control del comercio entre Guayaquil y las ciudades de la Sierra ecuatoriana.
El 30 de marzo de 1867 la ciudad de Babahoyo fue azotada por muchos incendios, que arrasó con todos los bienes de la población, por lo que el gobernador de la ciudad resolvió el traslado al lugar que ocupa actualmente. Fue fundada el 27 de mayo de 1869 (decreto legislativo) frente a la confluencia de los ríos Babahoyo y Caracol, se estableció en la margen derecha del río San Pablo.
Babahoyo cuenta con todos los servicios de infraestructura y la mayor parte del equipamiento comunitario de la ciudad; se ha convertido en los últimos tiempos en el centro para la cristalización de importantes negocios y apertura de grandes empresas.