Ejercicio: 1Eva_IT2018_T1 Busca especie con ADN

Propuesta de solución en Python:

primero se obtiene una secuencia del listado

i = 0
secuencia = Listado[i]

Para obtener la inversa se empieza copiando desde el último caracter de la secuencia con índice j=m-1, siendo m la cantidad de caracteres de la secuencia.

# calcula la inversa
m = len(secuencia)
inversa = ''
j = m-1
while not(j<0):
    inversa = inversa + secuencia[j]
    j = j-1

el resultado esperado es:

las secuencias que pertenecen son:  1
Secuencia:  ATTTGCTTGCTATTTAAACCGGTTATGCATAGCGC
indices de inversa: [0, 2, 7, 25, 29]
>>> 

El análisis se realiza en dos partes: desde j=0 hasta mitad = m//2. Luego desde la mitad hasta m.

Al comparar la referencia con una sección de la inversa, se pueden almacenar los índices de la coincidencia en otra lista.

Algoritmo en Python

# CCPG1001 Fundamentos de Programación FIEC-ESPOL
# 1Eva_IT2018_T1 Busca especie con ADN
# propuesta de solución: edelros@espol.edu.ec

# INGRESO
Listado = ['ATTTGCTTGCTATTTAAACCGGTTATGCATAGCGC', 
           'ATTAGCCGCTATCGA']
Referencia = 'CG'

# PROCEDIMIENTO
n = len(Listado)
tref = len(Referencia)
pertenece = []

i = 0
while not(i>=1):
    secuencia = Listado[i]
    indices   = []
    
    # calcula la inversa
    m = len(secuencia)
    inversa = ''
    j = m-1
    while not(j<0):
        inversa = inversa + secuencia[j]
        j = j-1
        
    # Analiza las partes, mitad
    mitad  = m//2
    veces1 = 0
    veces2 = 0
   
    j = 0    # primera mitad
    while not(j>=mitad):
        seccion = inversa[j:j+tref]
        if (seccion == Referencia):
            veces1 = veces1 + 1
            indices.append(j)
        j = j + 1

    j = mitad    # segunda mitad
    while not(j>=m):
        seccion = inversa[j:j+tref]
        if (seccion == Referencia):
            veces2 = veces2 + 1
            indices.append(j)
        j = j + 1

    # Revisa si pertenece a especie
    total = veces1 + veces2
    if (veces2==2 and total>=4):
        pertenece.append([secuencia, indices])

    # siguiente secuencia de listado
    i = i + 1 

# SALIDA
# print(pertenece)
tp = len(pertenece)
print('las secuencias que pertenecen son: ', tp)
i = 0
while not(i>=tp):
    print('Secuencia: ',pertenece[i][0])
    print('indices de inversa:',pertenece[i][1])
    i = i + 1

Tarea: Convertir a funciones las secciones de:

– Inversa de la secuencia creainversa(secuencia)

– Conteo de referencias en mitades de secuencia cuentareferencia(mitadsecuencia)

– Crear vector de índices donde se encuentra la referencia entregaindices(inversa)