1Eva_IT2018_T1 Busca especie con ADN

1ra Evaluación I Término 2018-2019, Junio 29, 2018. CCPG001
(Editado para tarea, se mantiene el objetivo de aprendizaje)

Tema 1. (40 PUNTOS) La compañía ACME S.A. está desarrollando un nuevo método para detectar especies en base a su ADN

Para representar una especie por su ADN se utiliza una secuencia S compuesta únicamente de las letras A, C, G y T.

La inversa de una secuencia S se determina con los símbolos en orden inverso a lo presentado. Ejemplo:

>>> inversa('GATACA') = 'ACATAG'

Se tienen como datos:

  • Un listado L de secuencias S y
  • Una cadena de referencia R que identifica de forma única a la especie buscada. R no tiene letras repetidas.

Implemente un programa que muestre todas las secuencias S que pertenecen a la especie buscada y los índices en la inversa de donde aparece la cadena de referencia R .

Para realizar esta tarea, por cada secuencia S en listado L :

1. Forme la cadena inversa de la secuencia S

2. La secuencia S pertenece a la especie buscada si:

a) la cadena de referencia R aparece exactamente dos veces en la segunda mitad de inversa y
b) al menos 4 veces en total.

3. Si S pertenece a la especie buscada, muestre la secuencia S y los índices.

Ejemplo:

L = ['ATTTGCTTGCTATTTAAACCGGTTATGCATAGCGC', 
     'ATTAGCCGCTATCGA', 
     '…']
R = 'CG'

SALIDA para Secuencia L[0]:
Secuencia: ATTTGCTTGCTATTTAAACCGGTTATGCATAGCGC
Inversa:   CGCGATACGTATTGGCCAAATTTATCGTTCGTTTA
Índices:   [0, 2, 7, 25, 29]

SALIDA para Secuencia L[1]:
Secuencia: ...
Índices:   ...

Referencia: Archivo original 1raEvaI_Term2018.pdf