El final del campeonato de 1989 es sino el más polémico, uno de los más polémicos de la historia del fútbol de Ecuador. Barcelona obtiene su décimo título al repetirse el partido de la última fecha de la Liguilla Final jugando en Quito con un estadio Atahualpa vacío y tras empatar a cero goles con el Deportivo Quito, el día 27 de diciembre de 1989.

En el primer partido, que se jugó el 10 de diciembre, llegaban a la ultima fecha Barcelona, Emelec y Deportivo Quito con opciones de campeonato. Emelec le ganaba 4 a 2 a El Nacional y el Quito con gol del argentino Carlos Mendoza llegando a los minutos finales del partido, le ganaba a Barcelona por 1 a 0, con lo cual igualaba en puntos con Emelec y se debía disputar una serie extra de definición (dado que para en ese entonces no existia la definicion por gol diferencia). Sin embargo a falta de seis minutos para el final, el público local empezó a invadir la cancha; en un saque lateral en la cancha del Quito cuando ya había hinchas en el campo, alguno incluso queriendo celebrar con el árquero Carlos Enríquez, se produce un centro y gol de Manuel Uquillas para Barcelona; pero, por la invasión el partido es suspendido. Allí empieza otra historia, y el campeonato se terminó decidiendo en la sede de la Federación Ecuatoriana de Fútbol.

Tras varios días de deliberación (habían tres tesis; la del Quito era que se termine el partido con marcador de 1 a 0; la de Emelec que se juegue los últimos minutos del partido con marcador de 1 a 0 y la de Barcelona era que se termine los últimos minutos con marcador de 1 a 1 ), en los cuales quedó claro que Barcelona tenía más peso que Emelec y Deportivo Quito; en las oficinas de la FEF, se resolvió, algo inédito, la repetición del partido sin público; repetición que terminó con empate a cero goles, dándole el título a Barcelona y dejando a Emelec como subcampeón.