La zona que constituye actualmente el cantón Jipijapa estuvo poblada en la época prehispánica por parcialidades indígenas pertenecientes a la etnia Manteño-Huancavilca.
La actual ciudad de San Lorenzo de Jipijapa fue fundada al Norte de su ubicación actual, en el sitio Sancán, por el visitador Bernardo de Loayza. Fue trasladada posteriormente al sitio donde se encuentra por Juan de Hinojosa. Los territorios de Jipijapa pertenecieron al Corregimiento Guayaquil y posteriormente al Gobierno de Guayaquil.
En la época colonial fue un caserío de tránsito en la vía Portoviejo-Daule-Guayaquil hasta elsigloXVII aproximadamente en que se fue convirtiendo en una zona de producción y comercialización de sombreros de paja toquilla o "Jipijapas". Esta industria alcanzó su auge en los dos siglos posteriores convirtiendo a la ciudad en centro de acopio para la exportación del producto.
En la época de la emancipación, Jipijapa fue el primer territorio de Manabí en sumarse a proclamación de independencia de Guayaquil el 9 de octubre de 1820. Siendo el día 15 cuando el prócer José Antonio de Vallejo en paso a Portoviejo informó de la decisión tomada y sumó a la comunidad a la gesta libertaria.
A mediados del siglo XIX se introdujo el cultivo de café, lo que fue desplazando la producción de sombreros a poblaciones específicas y a otros cantones como Montecristi. Jipijapa se convirtió entonces en una zona cafetera, productora y exportadora, tomando en cuenta que comprendía toda el área del sur de Manabí incluyendo los cantones de Paján y 24 de Mayo.
El boom del café declinó con la caída de los precios internacionales y la pérdida de los cafetales a finales del siglo xx.
En la actualidad, Jipijapa busca nuevas oportunidades para su desarrollo en el nuevo y difícil mundo globalizado y competitivo que permitan volver al auge económico que tuvo en el pasado.
De Jipijapa fueron oriundosAlejo Lascano, Pedro Pablo Gomez y Manuel I. Parrales y Guale.
Esta ciudad fue ruta de transito para las campañas montoneras del Gral. Eloy Alfaro durante la Revolucion Liberal
A lo largo de la República del Ecuador, gente con apellidos como Parrales, Baque, Pincay, Chilán, Pibaque, Acebo, Quimí, Soledispa, Lino entre otros, tienen su origen en esta ciudad.
