El nombre de Oña provendría de un vocablo celta, una antigua civilización europea: “Oni” que significa “pie de la colina”; otra opción sería un origen hebreo de la palabra: “Oñía”, que significa “barco”.

Más pueblos con el nombre e Oña están dispersos por todo el mundo: en Estados Unidos, al menos dos; en Noruega, en España y en el Ecuador.
Como población estable, Oña habría sido establecida con la condición de villa, por orden de Gonzalo Pizarro, en 1539 o 1540, durante las luchas de los conquistadores españoles y los indígenas. Así, por una necesidad militar, Esteban Morales Cabrero fundó la villa como fortín.

Tambo obligado

Oña fue por mucho un tambo para descanso de los viajeros. Distintas fuentes señalan los nombres de algunos de los primeros pobladores: Cristóbal Lorenzo García; Alonso de Espinar, Antonio Suárez, Diego González del Barco (luego vinculado a la Fundación de Cuenca), Diego García, Juan González. Marco Pérez, casado con Elvira Pomallacta compró poco después parte de las tierras.

En tiempos de la colonia española, Oña perteneció a la provincia de Loja hasta 1759 y ya en la República, se halla que, en 1852, Oña es parroquia del cantón Girón, perteneciente a la provincia del Azuay; en 1854 pasa a depender de la ciudad de Cuenca; en 1884 vuelve como parroquia de Girón; en 1890, otra vez, de Cuenca; en 1897, nuevamente es dependencia de Girón y finalmente, desde 1991 como cantón.