1ra Evaluación I Término 2018-2019, Junio 29, 2018. CCPG001

Tema 1. (40 PUNTOS)

La compañía ACME S.A. está desarrollando un nuevo método para detectar especies en base a su ADN. 

Para representar una especie por su ADN se utiliza una secuencia S compuesta únicamente de las letras A, C, G y T.

La inversa de una secuencia S se determina con los símbolos en orden inverso a lo presentado. Ejemplo:

>>> inversa('GATACA') = 'ACATAG'

Se tienen como datos:

• Un listado L de secuencias S y
• Una cadena de referencia R que identifica de forma única a la especie buscada. R no tiene letras repetidas.

Implemente un programa que muestre todas las secuencias S que pertenecen a la especie buscada y los índices en la inversa de S  donde aparece la cadena de referencia R .

Para realizar esta tarea, por cada secuencia S en listado L :

1. Forme la cadena inversa de la secuencia S

2. La secuencia S pertenece a la especie buscada si:

a) la cadena de referencia R aparece exactamente dos veces en la segunda mitad de inversa y
b) al menos 4 veces en total.

3. Si S pertenece a la especie buscada, muestre la secuencia S y los índices.

Ejemplo:

L = ['ATTTGCTTGCTATTTAAACCGGTTATGCATAGCGC', 
     'ATTAGCCGCTATCGA', 
     '…']
R = 'CG'

SALIDA para Secuencia L[0]:
Secuencia: ATTTGCTTGCTATTTAAACCGGTTATGCATAGCGC
Inversa:   CGCGATACGTATTGGCCAAATTTATCGTTCGTTTA
Índices:   [0, 2, 7, 25, 29]

SALIDA para Secuencia L[1]:
Secuencia: ...
Índices:   ...