A diferencia del resto de la Costa ecuatoriana cuyo clima es sumamente caluroso, lluvioso y húmedo por excelencia, el clima de Manta es muy diferente, ya que por su privilegiada ubicación geográfica en el Centro - Sur del Ecuador hay factores que suavizan y modifican el clima de la ciudad y el cantón y lo hacen mucho más agradable en relación al resto de la Costa.

Uno de esos factores principales es la influencia directa de la Corriente Fría de Humboldt que hace su presencia en Manta la mayor parte del año, por lo que debido a la fuerte influencia de esta corriente marina, Manta se caracteriza por tener un clima subtropical a templado marítimo y muy agradable la mayor parte del año, y que por acción de esta misma corriente la hace también un lugar sumamente seco, árido y desértico, ya que del 100% Manta solo recibe un 15% de su totalidad de pluviosidad anual, estas son sumamente escasas y solo llueve entre 150 a 250 mm anuales, en relación al resto de la Costa que llueve hasta 2500 mm anuales, y las primeras lluvias de consideración se presentan en Manta a finales de enero y finalizan la primera semana de abril, en donde los meses más lluviosos son Febrero y marzo.

Sus temperaturas, como en todas las ciudades ubicadas en la cercanía del ecuador terrestre, promedian entre los 26°C y 31°C como máximo y entre 15°C y 19°C como mínimo. Su precipitación anual baja y su rango térmico delatan la fuerte influencia de la anomalía térmica causada por la Corriente Fría de Humboldt proveniente de la Antártida, la cual con un volumen de agua alrededor de entre 5 a 6 veces el del río Amazonas moldea gran parte del clima de la provincia de Manabí y de la Costa del Pacífico del Ecuador, así como de la región insular de Galápagos.

En la Costa ecuatoriana, y por acción directa de la Corriente Fría de Humboldt solo 4 ciudades gozan de este tipo de clima subtropical y templado marítimo: Manta, Salinas, Santa Elena y Puerto López. Tal y como es el caso de la Costa ecuatoriana, aquí también hay dos estaciones climáticas: Invierno y Verano.

La época de transición climática o “cambio de clima” de invierno a verano en Manta se presenta en la última semana de abril, y el cambio de estación de verano a invierno se presenta en la semana final de diciembre en vísperas de Navidad y Año Nuevo, en las que la característica principal de un cambio de estación climática en la ciudad es que sus días y noches son totalmente despejados y el clima es sumamente variable en el día y algo frío y ventoso en la noche.

No siempre el invierno o verano en Manta son iguales todos los años, ya que estos siempre se verán modificados o afectados por factores climáticos como: el Fenómeno El Niño, el Fenómeno La Niña o alteraciones oceánicas de la misma Corriente de Humboldt, tal es el caso del año 2013 que Manta tuvo un cortísimo invierno de apenas 2 meses debido a una anomalía en la Corriente de Humboldt que enfrió el mar hasta los 18°C y el frío empezó a hacer su presencia en la ciudad desde abril y finalizó entrando a diciembre, afectando la salud respiratoria de sus habitantes en ese año, ya que la temperatura minima llegó hasta los 15°C.

Otro factor que también favorece al clima de Manta es la orografía irregular en donde se asienta la ciudad, ya que Manta no está ubicada en un suelo plano y a nivel del mar como erróneamente se cree y se difunde en muchas páginas de internet y en ciertos servicios turísticos, al contrario, la ciudad está asentada en una especie de altiplanicie cuya altura oscila entre los 12 y 120 m.s.n.m., en donde la zona más alta es la parte sur de la ciudad con una altura entre los 60 y 120 m.s.n.m., en segundo lugar la mayor parte de la ciudad se sitúa entre los 25 a 60 m.s.n.m., y en tercer lugar el perfil costanero con una altura de entre 7 y 15 m.s.n.m.

La proximidad al Bosque Húmedo de Pacoche, ubicado a 25 Km desde la ciudad y a una altura de 400 m.s.n.m., también influye en el clima de Manta.