El diagnóstico molecular actual del virus pandémico AH1N1 requiere de la amplificación de un segmento muy reducido del material genético viral, sin embargo, para realizar estudios epidemiológicos moleculares se requiere de la amplificación de alrededor de diez veces ese tamaño.
Esto ha realizado el Dr. Washington B. Cárdenas, jefe del Laboratorio de Biomedicina de la ESPOL.
El Dr. Cárdenas inoculó muestras clínicas positivas para Influenza A en huevos de pollos fecundados, ambiente ideal para el crecimiento de este virus. Luego de un período idóneo de incubación, el virus fue cosechado y su material genético extraído. Después de comprobar la presencia del virus por un diagnóstico convencional por RT-PCR, implementado en el mencionado Laboratorio, se procedió a la clonación de los ocho genes virales utilizando un iniciador o primer universal. El producto clonado se envió al Laboratorio del Dr. Christopher F.
Balser, en Nueva York, colaborador del Dr. Cárdenas, para determinar el ordenamiento de cada uno de los nucleótidos del genoma viral, es decir se realizó la secuenciación del virus.

Es así que el equipo del Dr. Cárdenas determinó la secuencia genética del gen de la Hemaglutinina (denominada HA) de cinco virus AH1N1 de diferentes muestras clínicas. Las secuencias genéticas virales, denominadas ESPOL1, 2, 3, 4 y 5, fueron depositadas en la base de datos genético mundial denominada GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu.html). El Dr. Cárdenas indica que, por primera vez, se ha realizado este tipo de investigación molecular en el país, luego de los trabajos pioneros del Instituto Nacional de Higiene.

Contamos también, agrega el Dr. Cárdenas, con la secuencia del gen denominado NS (no estructural), implicado en ayudar al virus a escapar de la respuesta antiviral del huésped. La implementación de esta tecnología en el Ecuador permitirá recién, menciona el Dr. Cárdenas, realizar estudios epidemiológicos profundos encaminados a determinar las bases moleculares de virulencia de Influenza A en nuestro país. Además, probada la posibilidad de clonar los genes virales, no resulta utópico pensar en la capacidad tecnológica local de generar virus recombinantes para producir nuestras propias vacunas.

El mundo se estaba preparando para una posible pandemia de Influenza A aviaria del tipo H5N1, la aparición del virus derivado de porcinos A H1N1, que en tres meses llegó a nivel pandémico, demuestra la necesidad de producir nuestros propios biológicos (e.g., vacunas y herramientas de diagnóstico) contra esta o la próxima pandemia de influenza A. Finalmente, la tecnología molecular empleada se puede aplicar a otras patología con etiología viral.